神社やお寺の漢字が難しいのはサンスクリットの影響が大きく、サンスクリット語の音訳のためです。サンスクリット語とは何ぞやというと、古代インド・アーリア語に属する言語です。(無論、すべてではなく一部の話です)

お墓などにある木の板(卒塔婆：そとば)に文字が書いてあるものがあると思うんですが、あの文字がサンスクリット語で、日本では梵字(ぼんじ)と言われていますね。

神社とお寺の違いはと言うと、お寺は仏教で神社は神道です。サンスクリット語の影響があるのは仏教なので、お寺の名前のほうが当て字のような読み方が多いです。が、神社の名前も中国語の発音から音訳してたりもするので、神社の名前でも読み方が難しい神社もたくさんあります。